La historia del juego nos cuenta qué sucede cuando los portales “Hairo” se abren repentinamente, fusionando tres mundos diferentes. Como resultado, varias chicas adolescentes ven despertar en ellas unos poderes misteriosos conocidos como “Exceed”. Una acadamia estas chicas con poderes, las “Progress”, se construye en la aislada Isla Seiran, situada en el Pacífico.