Primavera de 1995. Observatorios de todo el mundo detectaron un extraño objeto acercándose a la Tierra a toda velocidad, desapareciendo sin dejar rastro a pocos miles de kilómetros de la órbita de la Luna. Horas después, los cielos de Japón se cubrían de un extraño resplandor: Kamikakushi, una isla relativamente solitaria del sur, había desaparecido junto a sus 800 habitantes. Nadie sabe lo que sucedió... excepto la única sobreviviente. Una pequeña tan trastornada por lo que vio que ha bloqueado cualquier impresión. Primavera de 1999. Mientras el mundo se prepara para recibir el nuevo milenio, Mari Wakatake termina de instalarse en su nuevo hogar: el dormitorio para chicas de la Academia Kaihou, en donde se encuentra de inmediato con Hagino Senkouji. Estudiante perfecta. Talentosa deportista. Una gran líder. Hagino es el modelo a seguir por todas las chicas de Kaihou. Sin embargo, durante su accidentado primer contacto, Mari no puede evitar sentir una gran repulsión hacia Hagino, una sensación que le obliga a alejarse... a pesar de estar atraída hacia ella. A partir de entonces, en una apacible vida escolar, Mari aprenderá a superar sus miedos y sacar a flote los terribles recuerdos de su infancia, todo al tiempo que descubre más sobre la doble vida de Hagino, una chica tan fascinante como misteriosa y cuya estancia en Kaihou podría terminar los últimos días de 1999, en preparación a un evento que cambiara nuestro planeta para siempre.