La historia de Buddy Complex gira en torno a la amistad de dos muchachos que se encuentran cerca de la mayoría de edad. Watase Aoba es un chico que va al instituto en Tokio y disfruta despreocupado de su tranquila vida diaria. En la mañana de la ceremonia de apertura del curso tras las vacaciones de verano, se desplaza al instituto como siempre, donde conoce a Jyunyou Dio Weinberg. El encuentro de Aoba y Jyunyou cambiará pronto el destino del mundo.