Para evitar la destrucción inminente de la tierra por un asteroide, la agencia internacional del desarrollo de Solarsystem (ISDA) trabaja en el Proyecto D, y crea los Dragonautas después de encontrar un huevo del dragón debajo del océano. Sin embargo, pronto descubren que el asteroide no es la única amenaza, poderosas criaturas con forma de dragón aparecen en la tierra. Después de atestiguar un ataque de una de las criaturas, Jin Kamishina se ve sumergido en los misterios de los dragones y se convierte en un piloto elegido de un Dragonaut. Para ayudarlo en su viaje aparece Toa, una muchacha misteriosa que lo salva de una caída que lo llevaría a la muerte después de que la criatura lo ataca. Mientras profundizan en los misterios de los dragones, encuentran nuevos amigos y enemigos, y también comienzan a desarrollar una relación más cercana.