En el futuro, el mundo ha dado un giro de lo peor. La civilización esta al borde de la extinción. Toda esperanza de un brillante mañana ha sido encubierto con la oscura incertidumbre. Un hombre, sin embargo, cree que puede hacer algo al respecto de esto. Con su mundo que se derrumba en el caos, un maníaco enmascarado, amenaza conocida como Paradoja, figura la clave para viajar a través del tiempo para poder eliminar el azote que el cree responsable por llevar su mundo a la corrupción - El juego de cartas Duelo de monstruos!, Paradoja, se determina a erradicar esta peligrosa amenaza en toda la historia de los tiempos, empezando a reescribir el futuro borrando el juego, una carta a la vez. De pie en su camino están tres legendarios duelistas que harán lo sea necesario para salvar lo que esta en la linea, sus amigos, su familia y el juego que aman. Por primera vez, Yugi, Jaden y Yusei se unirán juntos y la batalla con todos su corazones en el duelo que decidirá el pasado, el presente y el futuro.