La historia se desarrolla en una universidad de Japón y tiene un ritmo bastante acelerado. Cada capítulo muestra una situación distinta(casi siempre en la habitacion del club). En Japón,que no en españa, son muy populares los clubes universitarios o de la secundaria. Son personas que se agrupan según sus intereses y desarrollan distintas actividades centradas en su mayor interés. Son subvencionados por la institución, tienen departamentos propios y demás. Al principio, Sasahara y Kosaka se integran a Genshiken y poco a poco, el primero, se va integrando en el mudillo otaku y convirtiendose en uno mas de grupo, incluso critica a los que van con chica o visten "guay" . Básicamente, la forma de la cultura otaku más fuerte es el Doujinshi, que es una especie de manga erótico hecho por otakus.