"Terumichi Madoka" quien descubrió la tumba de Gilgamesh en Uruk, reporto su hallazgo al mundo y a los grandes científicos. Tras esto la comunidad científica reunió a los mejores especialistas y construyo en el lugar del hallazgo un centro de investigación altamente avanzado llamado "Heavens Gate" (Puerta Del Cielo). Tras practicar diversos experimentos en las profundidades de la tumba y por intervención terrorista el complejo exploto, esto ocasiono que el mundo se sumiera en una nueva era en donde gran parte de la humanidad pereció y todo artefacto electrónico dejo de funcionar además el cielo quedo cubierto con una capa similar a un espejo, a este acontecimiento se le llamo Twin X denominado así por la fecha en que ocurrió 10-Oct. La historia se centra en 2 hermanos, "Tetsuya" y "Koyoko", hijos del científico responsable de "Twin X" y en diversos bandos que a lo largo de la historia van revelando su verdadero significado e intenciones.