Misteriosas criaturas voladoras conocidas como Zai aparecen de repente, y para luchar contra estas, la humanidad crea aviones de combate llamados “Daughters”, así como el mecanismo de lucha automático “Anima”, que tienen forma de chicas humanas. La historia tiene de protagonistas al joven Kei Narutani, que anhela volar, y un Anima llamada Guripen que es considerada como la carta triunfal de la humanidad contra esta amenaza.