La historia se desarrolla durante Junio de 1983 en una villa ficticia de nombre Hinamizawa, la cual está inspirada en una villa llamada Shirakawa, en Gifu. El protagonista, Maebara Keiichi, se muda a esta y se hace amigo de algunas de sus compañeras de colegio: Ryuugu Rena, Sonozaki Mion, Furude Rika y Houjo Satoko. Junto a ellas Keiichi se dedica a las actividades del club que tienen después de clases, que consisten en su mayoría en jugar juegos de mesa y cartas. La villa parece normal y tranquila, aun así esto cambia después del festival de Watanagashi, un festival local en el que le agradecen a la deidad local, Oyashiro-sama. Keiichi se entera que en los últimos cuatro años ha habido personas desaparecidas, asesinatos, e incluso descuartizamientos... A partir de este momento inicia la historia en todo su esplendor.