La “historia de amor y milagros” está protagonizada por Mitsuha y Taki. Mitsuha es una estudiante de instituto que vive en un pueblo rural rodeado de montañas. Su padre es el alcalde del pueblo y no pasa mucho tiempo en casa, con lo que ella suele estar a solas con su hermana menor y su abuela. Mitsuha es una chica sincera, pero no le gustan las tradiciones del templo Shinto de su familia, al igual que tampoco le gusta que su padre haga campaña para ser reelegido. Lamenta vivir en un pueblo rural tan aislado y anhela poder vivir el maravillo estilo de vida de Tokio algún día. Taki es un estudiante de instituto que vive en el centro de Tokio. Pasa el tiempo con sus amigos, trabaja a media jornada en un restaurante italiano, y su mayor interés son la arquitectura y las bellas artes. Un día, Mitsuha sueña que es un joven. Taki por su parte, sueña que es una joven de instituto en un pueblo de montaña en el que nunca ha estado. ¿Cuál es el secreto que hay tras sus sueños y experiencias?