La historia de Kurokami (El Dios Negro) trata de un programador de videojuegos de nombre Keita Ibuki. Éste se encuentra con una chica de nombre Kuro que resulta ser un Mototsumitama , seres divinos encargados de mantener el equilibrio de la existencia. Mientras cuidaba de ella, son atacados. A causa del ataque Keita pierde un brazo que es regenerado por Kuro más tarde al intercambiarlo por su propio brazo; así se que creó un lazo entre ambos. Kuro parece saber la razón por la que murió la madre de Keita cuando éste era pequeño. ¿Qué son los doppelganger de los que habla Kuro? ¿Y qué relación tienen con la muerte de la madre de Keita? El anime cuenta con la dirección de Tsuneo Kobayashi (Los Doce Reinos), mientras que Hiroyuki Nishimura (Deltora Quest, Ys II) está a cargo del diseño de personajes.