La historia se sitúa cuatro años después de Mahou Shoujo Lyrical Nanoha StrikerS, cuando la Sexta División se ha disuelto y Nanoha Takamachi se ha tomado un descanso para criar a su hija adoptiva, Vivio Takamachi. Una vez en cuarto de primaria, Vivio recibe su propio dispositivo que le permite entrar en el modo "Sankt Kaiser". Más tarde, conocerá a Einhart Stratos que, al igual que ella, es descendiente de un soberano de la Era Sankt Kaiser y quiere demostrar que su manera de luchar es la más fuerte. Juntas, Vivio, Einhart y sus amigas participarán en una competición de artes marciales para demostrarlo.