Hace dieciséis años, una bestia demonio gigante conocido como el Zorro de Nueve Colas fue liberado de su jinchūriki por un desconocido ninja enmascarado. La aldea de Konoha estaba cerca de la destrucción por el ataque de las Nueve Colas, pero el pueblo fue salvado por su líder. Minato Namikaze y su esposa Kushina Uzumaki "quién era el jinchūriki en el momento del ataque" ellos sellaron al demonio en el interior de su hijo recién nacido: Naruto Uzumaki. Con el zorro demonio sellado, las cosas seguían como de costumbre. Sin embargo, la paz de la aldea no duró mucho tiempo, porque Pein, Konan, Itachi Uchiha, Kisame Hoshigaki, Sasori, Deidara, Hidan y Kakuzu "miembros de una temida organización llamada Akatsuki" atacó Konoha. Naruto estrictamente se las arregló para lanzar un contraataque pero ¿Por qué han aparecido estos ninjas cuando todos ellos estaban destinados a haber muerto? El misterio se mantiene, pero los ninjas son elogiados por sus familias para completar una misión tan peligrosa. Sin embargo, uno de ellos que nunca ha conocido las caras de sus padres, Naruto, no puede dejar de sentirse solo. En ese momento, de repente, el hombre enmascarado hace su aparición en Konoha. Naruto y Sakura son a la vez atacados por un dōjutsu nuevo y misterioso de aquel hombre. La película se basa en una realidad alterna del universo de Naruto, en la que él nunca perdió a sus padres, y Tobi, lleva a cabo su plan "Ojo de Luna" para gobernar el mundo, sumiéndolo bajo una ilusión. En esta película los personajes como Sasuke Uchiha tiene una personalidad más agradable y gentil, además de que le gusta Sakura Haruno. Hinata Hyuga tiene una personalidad rebelde y provocativa. Tsunade es plana y menos bella.