En el año 2015 la humanidad intenta recuperarse del segundo impacto, una catástrofe provocada por la caída de un meteorito en la Antártida años atrás. Tras sobrevivir al deshielo de los polos y a una inmediata sucesión de guerras sin fin, los seres humanos debes enfrentarse a un nuevo y mortal peligro. Unos misteriosos seres denominados Ángeles aparecen de improvisto llevando la destrucción por donde pasan. Para frenar esta amenaza el científico Gendoh Ikari ha desarrollado los Evangelion, unos gigantescos robots que se convierten en la última línea de defensa para la humanidad. Uno de los primeros pilotos escogidos recibe el nombre de "Tercer Niño". Se trata del hijo de Gendoh. Shinji Ikari, al que su padre abandonó años atrás.