Ninja Kamui sigue a Joe Higan, un Nukenin, un antiguo ninja que escapó de su clan y se esconde de su violento pasado en la América rural con su familia. Una noche, un equipo de asesinos de su antigua organización le tiende una emboscada y se cobra un sangriento castigo contra Joe y su familia por traicionar su antiguo código. Resucitando de su aparente «muerte», Joe resurgirá como su antiguo yo, el ninja Kamui, para vengar a su familia y amigos. Kamui es un ninja del siglo XXI, un oscuro anacronismo que enfrenta sus antiguas habilidades a armas de alta tecnología con una delicadeza brutal. Deberá enfrentarse a asesinos entrenados, ciborgs de combate y ninjas rivales para acabar con el clan que lo creó.