Celebi debe escapar de un malvado cazador de Pokémon del pasado, para ello debe utilizar la poca energía que le queda y viajar en el tiempo hasta nuestros días. Celebi, Ash, Pikachu y el resto de la banda, tendrán que enfrentarse con un enemigo mucho más fuerte que el cazador del que huían. El arma de este nuevo enemigo es una "Pokebola" que transforma a los Pokémon que captura en demonios y otras terribles criaturas. Celebi es capturado y el destino de todo el bosque queda bajo la amenaza de los cazadores.