Cuando un gran peligro amenaza la ciudad, acabar con él dependerá de Ash, Pikachu y sus amigos. Un amplio hábitat Pokémon en medio del ajetreo de la gran ciudad parece ser el perfecto nuevo hogar para un grupo de cinco Genesect. Sin embargo, la llegada de estos singulares Pokémon rápidamente se convertirá en un problema: su nido amenaza el suministro de electricidad de la ciudad, y no pararán de atacar a cualquiera que se acerque allí. Además, atraerán la atención del legendario Pokémon Mewtwo, que simpatizará con ellos porque su origen también fue fruto de la manipulación del hombre. Su líder, un Genesect rojo, no confía en Mewtwo, y el enfrentamiento entre ellos se les irá de las manos ¿Podrán Ash y sus amigos parar a estos dos poderosos Pokémon antes de que destruyan la ciudad?