Hace cien años, Dahara City fue acosado por una terrible calamidad provocada por una gran potencia. La ciudad se salvó cuando un misterioso hombre selló ese poder en la prisión de botella, y se convirtió en paz. En el presente, Ash y sus amigos llegan a Dahara city, donde se encuentran con el travieso Pokémon Hoopa, así como su compañero humano María. Sin embargo, cuando el hermano mayor de María descubre la botella prisión en el desierto y así el Pokémon Legendario aparecerá en la ciudad, la batalla de hace un siglo se reinicia, lo que provocó un cataclismo que obliga a la aparición de aún más Pokémon legendarios.