Enero de 2118. La inspectora jefe del Departamento de Investigación Criminal, Akane Tsunemori, recibe un informe sobre un incidente en un navío extranjero: se ha hallado el cadáver de la profesora Milicia Stronskaya. Tras el incidente se encuentra un grupo conocido como los Peacebreakers, una organización paramilitar extranjera y una nueva amenaza exterior que tienen como objetivo los informes de la investigación de la profesora, conocidos como "los Papeles de Stronskaya". Al reunirse con Shinya Kogami, un antiguo fugitivo del Departamento de Investigación Criminal, Akane se enfrenta a un caso que no tarda en superar sus expectativas. Los Papeles de Stronskaya podrían revelar una verdad que haría tambalearse al gobierno japonés, e incluso al Sistema Sibyl, hasta sus cimientos.