A mediados del siglo XIX, la Revolución Meji significó el final del Shogunato y el principio de una nueva era para Japón. La victoria del bando reformista no hubiera sido posible sin la espada de un joven e implacable asesino apodado Hitokiri Battosai que tras el final del conflicto desapareció sin dejar rastro... Diez años después, el legendario Hitokiri Battosai ha reaparecido en Tokio asesinando a todo el que se cruza en su camino. Cuando su escuela se ve implicada en los crímines, la joven Kaoru Kamiya, propietaria y muestra del dojo Kamiya, sale a su encuentro. En su ayuda acude Kenshin Himura, un espadachín vagabundo que defiende a los más débiles con su espada de filo invertido. ¿Es posible que este guerrero pelirrojo de aspecto inofensivo sea el verdadero Battosai? Aquí comienza la leyenda de Kenshin, el último samurai.