"Seisouhen" puede traducirse más o menos como "los años que han pasado". La historia tiene su punto de partida después de varios años desde que Kenshin decidió no esgrimir más su espada y decidió no volver a luchar. Otros personajes conocidos toman parte en esta parte, como Yahiko, que ha crecido hasta convertirse en un adulto. Kenshin y Kaoru se han casado y tienen un hijo llamado Kenji. Pero la paz ha durado poco. Kenshin nuevamente es llamada a defender la paz en Japón. Mientras Kaoru espera su retorno, la historia alterna entre la realidad y los recuerdos en su memoria: la primera vez que conoció a Kenshin y todas las aventuras que les han ocurrido. Kaoru espera, espera a su amado Kenshin... pero parece que a Kenshin puede que no le sea posible volver.