Primera parte de la OVA, Shin Kyoto-Hen, readapta de nuevo el arco argumental de Kyoto y los planes de Shishio Makoto para apoderarse el gobierno de la era Meiji. La historia se verá desde otro enfoque, relatando la batalla entre Himura Kenshin y Shishio Makoto desde el punto de vista de la ninja Makimachi Misao.