Ryza no Atelier cuenta la historia de Stout Reisalin, una joven que vive en la Isla Kurken en busca de emociones. Un día de verano, descubre un bote abandonado y decide aventurarse al continente en compañía de sus amigos Marslink Lent y Mongarten Tao. En su viaje, Ryza se encuentra con el alquimista Vollmer Empel y su compañero Decyrus Lila, lo que la lleva a descubrir la magia de la alquimia y desentrañar los misterios que rodean su hogar.