Legend of Mana está ambientado en el mundo ficticio de Fa’Diel. El Árbol del Maná, dador de maná y vida para el mundo, se quemó casi por completo nueve siglos antes de los acontecimientos del juego. Estalló una guerra entre hadas, humanos y otros que buscaban el escaso poder del maná que quedaba. Cuando la guerra concluyó, el Árbol del Maná quemado dormía mientras volvía a crecer y las numerosas tierras del mundo se almacenaban en antiguos artefactos. Un héroe, controlado por el jugador, se encarga de restaurar el mundo, y el maná, a su antiguo ser. Las Tierras de Fa’Diel están pobladas por un gran número de criaturas diferentes, incluyendo humanos, hadas, demonios, la raza Jumi de corazón de joya, Sproutlings y Flowerlings, osos mineros llamados Dudbears, y seres sombríos del Inframundo conocidos como Shadoles. Fa’Diel es también el hogar de una gran cantidad de animales y objetos antropomórficos, así como de monstruos de otros títulos de Mana como Rabites, Chobin Hoods y Goblins. El jugador controla al protagonista del juego, que es un protagonista silencioso masculino o femenino. El personaje no tiene nombre y no se da ninguna información sobre su pasado; su historia y personalidad deben ser determinadas por el jugador.