2 nuevos mundos se han fusionado con el mundo humano, la dimensión Shin y la dimensión Ma, por ello vemos que existen nuevas razas humanoides de aspecto élfico. Rin es un chico que va al instituto, el cual un buen día se entera que una de las dos nuevas alumnas de su clase se convertirá en su esposa. Las dos alumnas son Sia, de la dimensión Shin y princesa de ésta; y Nerine, de la dimensión Ma, también princesa de ésta. Además de encontrarnos con personajes misteriosos, encontraremos en Shuffle una shonen típico de colegial que se ve envuelto de chicas con la cual no se sabe con quién va a acabar, además de pinceladas de magia y mucho fanservice.