"Mission T" es una guerra encubierta de espías y agencias de inteligencias para evitar la destrucción del mundo. Botan Negoro, entrenada desde la infancia como ninja, ha crecido para convertirse en un talentosa espía. Ella hace equipo con Kuruma, un espía experto en teatralidad, en una misión que tiene al mundo en peligro: Recuperar el "Cristal de Tesla", el legado del inventor Nikola Tesla. Pero otros países y agentes están en acción para asegurarselo, y Botan junto con Kuruma tienen que usar todas sus fuerzas para ganarles.