Es el año 2207 d.C. Han pasado dos años desde la desaparición de Gamilas e Iskandar. De repente, un misterioso objeto gigante, "Grand Reverse", apareció en el sistema solar. A pesar de los mejores esfuerzos de las Fuerzas de Defensa de la Tierra, "Grand Reverse" rompió fácilmente múltiples capas de defensas y descendió a la nueva capital de la Tierra. Enjambres de soldados descendiendo aparecieron sin hacer ruido. Aterrizaje de tanques de varias patas. En un abrir y cerrar de ojos, la capital fue invadida. ¿No hay forma de que la Tierra resista? En ese momento, la tripulación de la antigua flota Yamato recibe una orden ultrasecreta. "¡Reúnanse con Yamato!" Entonces se escucha una voz misteriosa que canta. Un hombre misterioso murmura: "Estoy de vuelta". ¿Cuál es la sorprendente identidad del invasor? Con el destino de la humanidad en juego, el viaje del acorazado espacial Yamato comienza ahora hacia un tiempo y un espacio nunca antes explorados.