Saya es una chica de 16 años con una vida completamente normal que vive en Okinawa, Saya no recuerda nada de su pasado y un día, es atacada en la escuela por un monstruo (conocidos como Chiropteros) pero es salvada gracias a Hagi, un joven músico vestido de negro que lleva la mano derecha vendada. A partir de ese momento, Hagi comienza a vigilar a Saya y unos hombres con aspecto de agentes de alguna organización se aparecen en la casa de George (el padre adoptivo de Saya). Más tarde, son atacados otra vez por un Chiroptero y le explican a Saya que ella es la encargada de destruir a esos monstruos y la entregan una Katana, pero Saya se niega a cogerla y George es herido al intentar protegerla. Es a partir de entonces cuando Saya intentará descubrir que está sucediendo y poco a poco irá recordando cosas de su pasado.