La historia se centra en el joven Allen Walker, un exorcista, durante un imaginario siglo XIX en Europa. Allen es miembro de la Organización Religiosa Oscura, formada por exorcistas de todo el mundo, la cual está vinculada al Vaticano. La misión de dicha organización es detener al Conde del Milenio (The Millenium Earl), una malvada entidad demoníaca que pretende limpiar el mundo destruyendo a la humanidad del mismo modo que lo hizo el Diluvio Universal. Los exorcistas son gente especial, compatible con la llamada Inocencia, una sustancia divina que tiene el poder de ser capaz de combatir a los súbditos del Conde: los Akuma. Se dice que hay, exactamente, 109 trozos de Inocencia repartidos por el mundo. Cuando uno de estos trozos de Inocencia encuentra a una persona compatible, puede evolucionar para transformarse en un arma con la que poder luchar contra los Akuma. ¿Podrán derrotar Allen y los demás exorcistas al Conde del Milenio y liberar al mundo del terror que él y sus súbditos suponen?