En una mágica ciudad acuática llena de laberintos y canales, Ash, Pikachu y el resto de su pandilla tendrán que enfrentarse a un par de astutos ladrones que planean robar una impresionante y peligrosa joya que custodian Latios y Latias. Para conseguir salvar a la ciudad de su destrucción total, nuestros héroes deberán derrotar a esta diabólica pareja y superar enormes obstáculos. ¡Pero el tiempo corre en su contra!.